Jogoro Kobato y Yuki Osanai, dos chicos de quince años en su primer año de secundaria, son una pareja inusual. Después de algunas experiencias desagradables en su escuela anterior, relacionadas con su propensión a resolver misterios, aceptaron adoptar una nueva personalidad: la de los "tipos respetables" que llevan una vida tranquila y ordinaria. Sin embargo, apenas ha comenzado el semestre cuando comienzan a presentarse una serie de misterios irresistibles, y Kobato en particular no puede evitar resolverlos, especialmente con la ayuda de su amigo cercano Kengo. Un bolso perdido, un par de cuadros idénticos, una taza de chocolate perfectamente hecha y una misteriosa botella rota proporcionan a estos reacios detectives (y al espectador) mucho ejercicio mental y entretenimiento. Pero cuando le roban la bicicleta a Osanai, junto con la tarta de fresa que dejó en su canasta, el rastro de pistas lleva a la pareja a un peligro inesperado...